Brčko se prvi puta spominje 1534.godine kao Kapetanija u Gračaničkom Kadiluku, Tuzlanskoj Nahiji, Zvorničkom Vilajetu. U to vrijeme Brčko je bilo jedina prelaznica preko rijeke Save, a koja se obavljala skelom. Trgovci bi iz Dubrovnika i Hercegovine dolazili na konjima i magarcima i prelazili Savu skelom. Od tog vremena se vrši prevoz splavarenjem za potrebe industrije (balvani), a od 16.vijeka počinje plovidba tzv. kopitarenjem sa dereglijama (uzvodno bi se vuklo lijevom obalom Save konjskom i volovskom zapregom a nizvodno bi se plovilo sa sidrima). Obično bi se pored balvana prevozio i ugalj i brusnički kamen (vađen u blizini Bosanskog Broda).

Drugom polovinom 17.vijeka počinje plovidba parobrodima i brodovima takozvanim lopatarima. S obzirom da su to bili parni brodovi, a Brčko se nalazilo na pola puta Beograd –Sisak, koji je u zaleđu imao rudnike uglja, ti bi se brodovi zaustavljali na današnjoj lokaciji «Luke Brčko», da bi ručno kolicima vršili utovar uglja u brodove.

U periodu 1887-90 održavana je prva putnički linija brodom na relaciji Županja-Brčko-Rača-Zvornik. Preko rijeke Save sagrađen je željeznički most i od 1894.godine je uspostavljena željeznička saobraćajna veza Vinkovci-Brčko.

Godine 1946. sagrađena je pruga Brčko-Banovići čime je luka, uspostavila direktnu željezničku vezu sa tuzlanskim privrednim bazenom. Današnja luka je izgrađena 1913.godine, a dograđena je u periodu od 1952-1962.godine. 1953.godine zvanično se počinje koristiti obala luke za saobraćaj i osniva se Preduzeće za riječni saobraćaj i pristanište.

Dana 27.11.1961.godine osnovano je preduzeće pod nazivom «PREDUZEĆE PRISTANIŠTE I SKLADIŠTE». Godine 1969. dolazi do integracije Preduzeća sa JRB-om, tačnije bivšim pogonom za bagerovanje (Beograd). Luka kao samostalna organizaciona celina, pod nazivom RO “Luka Brčko” posluje od 1973. godine. Sa ciljem uključivanja u integralni saobraćajni sistem BiH, Luka se 1978. godine integriše u SOUR ŽTO Sarajevo.

Do ponovne reorganizacije došlo je 1991. godine od kada organizaciono ponovo posluje kao samostalno preduzeće pod nazivom AD “Luka Brčko”. Tokom rata na prostorima bivše SFR Jugoslavije (1991-1995), i pet godina poslije, zbog nerješnog međudržavnog statusa rijeke Save, plovidba je obustavljena i nisu vršene pretovarne aktvnosti rijeka-obala. Donacijom Italijanske Vlade 2001.godine obnovljena je i ponovno stavljena u funkciju glavna pretovarna mehanizacija -portalne dizalice, čime su se ponovo stekli uslovi za aktivno učešće «Luka Brčko» u transportnom sistemu BiH.

Od 2004. godine luka posluje pod nazivom Javno preduzeće «Luka Brčko» Brčko Distrikt BiH d.o.o. U septembru 2006. godine luka je dobila međunarodni status.

Kao što more i primorska plovidba utiču na razvoj obalskih naselja, isto tako bi se moglo reći, da su rijeka Sava i riječni saobraćaj obilježili razvoj Brčkog kroz vijekove i da je razvoj luke i grada bio sudbonosno vezan i međusobno uzrokovan.